Joseph Hubertus Pilates nacque nel 1880 in Germania, nei pressi di Düsseldorf. Egli, come tanti altri a quel tempo destinati ad eccellere per prestazioni fisiche, inizialmente era un ragazzo di struttura fisica piuttosto gracile.
J.H.Pilates, preoccupato dalla possibilità di contrarre la tbc, si dedicò duramente alla pratica del Body Building tanto che all’età di 14 anni fu chiamato a posare per la realizzazione delle carte anatomiche del corpo umano. Lo studio dell’anatomia e lo sviluppo muscolare divennero così oggetto di studio e parte integrante della sua adolescenza.
Pilates durante la sua permanenza in Germania, oltre agli studi sopra citati, lo sci, la subacquea ed ogni tipo di disciplina atletica caratterizzarono la sua vita.

Nel 1912 si trasferì in Inghilterra dove intraprese la carriera di istruttore di autodifesa per la scuola di polizia locale, oltre a coltivare l’interesse per la boxe e per l’acrobatica in un circo del luogo.
Quando scoppiò la Prima Guerra Mondiale, Pilates fu internato per un anno nel Lancaster assieme ad altri connazionali.
Durante questo periodo non si perse d’animo ed organizzò l’allenamento proprio e dei suoi compagni di prigionia, raffinando in tal modo i suoi principi sulla salute e sul Body Building.
Egli ebbe modo di vantarsi quando nel 1918 un’influenza epidemica uccise migliaia di inglesi ma nessuno di coloro che si sottoposero al suo training fisico contrasse l’influenza assassina.
Più tardi J.H. Pilates venne trasferito sull’Isola di Man dove trovò una realtà completamente differente da quella che aveva precedentemente vissuto nel Lancaster: soldati reduci dalla battaglia menomati dalle ferite, allettati dalle malattie, immobilizzati da tempo.
Decise così di darsi da fare a costruire macchinari che potessero servire alla riabilitazione di quelle persone. Tornò in Germania nei primi anni Venti dove continuò ad ideare attrezzature per la rieducazione, di cui alcune sono ancora in uso tutt’oggi.
Al di là del suo impegno creativo, la sua professione lo portò ad Amburgo a lavorare per la polizia locale come addestratore fisico delle reclute e dell’intero corpo di polizia.
In questo periodo conobbe Rudolph von Laban, ideatore della Labanotation (una delle forme di registrazione scritta di balletto più rinomate nel mondo), il quale incorporò parte del lavoro di Pilates nell’impostazione del proprio insegnamento.
In seguito, altri importanti personaggi della danza presero il metodo Pilates come riferimento per il loro allenamento base.
Il metodo Pilates fece ingresso nel mondo della danza instaurando un rapporto destinato a durare fino ad oggi; ciò spiega come, a torto, si è spesso associata la tecnica al solo mondo della danza.

Nel 1925 l’insegnamento del metodo Pilates divenne importante per il governo tedesco che lo invitò a seguire personalmente il piano di allenamento del nuovo esercito tedesco; Pilates decise che era tempo di partire per gli Stati Uniti d’America.
Durante il viaggio conobbe una giovane infermiera di nome Clara che in seguito divenne sua moglie.
Giunto a New York, Pilates aprì uno studio e cominciò a codificare la sua tecnica; la prima parte di detta tecnica era incentrata esclusivamente sul Mat Work, ovvero una serie di esercizi eseguiti a corpo libero su di un materassino ("mat").
Questo programma venne codificato in un libro chiamato Contrology, nome originario che lui stesso coniò per la sua tecnica.
Il lavoro comunque non si ridusse alla codificazione degli esercizi ma si estese al perfezionamento di particolari attrezzi. Ai tempi della sua prigionia in Inghilterra, infatti, Pilates applicò delle molle ai letti dei pazienti con lo scopo di aiutarli a ritrovare e mantenere il tono muscolare, mentre erano ancora allettati.
Come risultato di questa idea nacque l’Universal Reformer, l’attrezzo che a tutt’oggi è parte centrale del metodo Pilates.
Durante il suo lavoro altri attrezzi furono inventati così come altri esercizi per il Mat Work.
Pilates morì attorno agli anni Sessanta; il suo studio di New York fu rilevato da Romana Kryzanowska, allieva di Pilates ed insegnante del metodo da decenni.